Category: коронавирус

Category was added automatically. Read all entries about "коронавирус".

voron

Вдогонку к прошлому посту (поправка).

Только я тот пост написал, как медуза разродилась текстом на ту же тему и похожими выводами:

Но все-таки цифры эффективности против заражения по разным странам у них поприличнее. Я решил рассчитать ее «в лоб» (тем более что мне подкинули нужную израильскую статистику). Вот что получается.

Израиль: данные по всем случаям за июль-август 2021.

Collapse )
voron

Про вакцинацию и дельта-разновидность.

Вынесу, пожалуй, отдельным постом. Спасибо r00kie за наводку - он поделился парой ссылок, которые заставили меня несколько пересмотреть мое отношение (или мое понимание) к вакцинации. Пока вы этого в мейнстримных медиа не прочитаете, по крайней мере в таких формулировках. Речь идет о "западных" вакцинах - в первую очередь пфайзер/модерна и астразенека - и о дельта-варианте коронавируса (сейчас в северном полушарии другого и не осталось нигде). Это данные в первую очередь англичан, но американские и израильские данные, как я понимаю, согласуются.
Буду ссылаться в первую очередь на вот этот технический брифинг британского минздрава:
https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1009243/Technical_Briefing_20.pdf

1 - Вакцина не защищает от заражения практически совсем никак (см. таблицу 5 брифинга). Это печальная новость: значит, никакого искусственного коллективного иммунитета не будет от слова вообще. Ну или пока не сделают вакцину со стерилизующим иммунитетом. Вся эта общемировая фигня с ковидом - на годы.

2 - Что еще хуже: вакцина не уменьшает вирусную нагрузку. Судя по всем данным, привитый настолько же заразный и так же распространяет вирус, как непривитый. См. график 12 брифинга или тут: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.07.31.21261387v1

3 - Вакцинация существенно (на порядок) уменьшает вероятность тяжелой формы заболевания и смертельного исхода, в т.ч. и для дельта-варианта. Хотя это цифры получены без поправки на pre-existing conditions. Грубо говоря, среди непривитых в Англии много людей с медицинским отводом - т.е. это люди, у которых серьезные проблемы со здоровьем. Но как это аккуратно учесть - я не знаю. Впрочем, британские графики заболеваемости, госпитализации и смертности последней волны (начиная с июня) безусловно подтверждают этот пункт.


Какие из этого выводы?

а) вакцинируешься ты в первую очередь для себя, а не для других. Вакцина защищает тебя (от тяжелой формы), а не других. В этом отношении вакцинация является полной противоположностью медицинским маскам - маски ты носишь в первую очередь для других, а не для себя.

б) морально-этические основы для обязательной вакцинации практически исчезают. Единственная польза обществу (а не тебе лично) от вакцинации - это разгрузка медицинской системы.

в) идея о том, что "зеленый паспорт" (куар-код вакцинированного) может заменять тест на вирус и давать право свободно путешествовать, ходить в рестораны и массовые мероприятия - ошибочна. Я думаю, что очень скоро (осенью) это официально объявят/признают в странах первого мира.

г) необходимость вакцинации молодежи и подростков - под очень большим вопросом. Скажем, вероятность смертельного исхода после заражения ковидом у 20-летнего - что-то около 0.008%. Как мне кажется, какой-то смысл вакцинация этих возрастов имеет только для групп риска - ожирение, диабет. Не думал что я, отчаянный "про-ваксер", когда-нибудь это напишу.

д) единственная хорошая новость из пунктов 1 и 2 - это что массовая вакцинация (в т.ч. половины населения) НЕ создает ту самую идеальную "чашку Петри" для появления обходящей иммунитет мутации, про которую недавно стали активно говорить. Если дельта так же свободно распространяется по популяции привитых, как и у непривитых, то это значит, что у случайной мутации, побеждающей иммунитет, не будет никакого эволюционного преимущества.
voron

Как бы principal component analysis

А вот если попробовать разложить московскую кривую на три штамма: условный «классический» уханьский, альфа («британский») и дельта («индийский»).

Берем график Rt, и начиная с середины декабря аппроксимируем его постоянным падением на 3% в неделю, и экстраполируем это вперед до июля (оранжевая кривая).

Collapse )
voron

Про CFR

Коллега trueview обратил внимание на то, что в Великобритании в последнее время очень низкий CFR (case-fatality ratio — отношение смертности от ковида к числу выявленных случаев). Конечно, абсолютные значения CFR в разных странах будут сильно зависеть от учета ковидной смертности и от учета ковидных случаев. Но если правила этого учета в отдельной стране не меняются, то можно считать его примерно пропорциональным истинной летальности вируса IFR (infected fatality ratio).

И вот я решил посмотреть, как CFR меняется по времени — суммировать данные по неделям и разделить одно на другое. Разумеется, нужно учесть еще и сдвиг по времени: все-таки умирают люди после того, как заболевают. Сдвиг  я везде подгонял подгонял по осенне-зимнему пику, и период взял с августа 2020 года. Все-таки весной еще много где не был налажен нормально ни учет смертей, ни тестирование.

Вот что получается для Великобритании (сдвиг между заболеваемостью и смертностью две недели):

CFR в Великобритании (по дате выявления ковида), по данным https://coronavirus.data.gov.uk
CFR в Великобритании (по дате выявления ковида), по данным https://coronavirus.data.gov.uk
Collapse )
voron

Про современную журналистику

Коллега trueview прислал такой роскошный пример говножурналистики, что у меня пятая точка прожгла икеевский стул, на котором я сейчас сижу. Итак:

ШЫкарно, да? Почти треть британцев, «неутешительная ситуация». Мы все умрем, вакцина не работает.

А теперь давайте включим мозг. Там написано, что индийский вариант распространился с начала мая. По состоянию на 2 мая, 90% лиц старше 70 в Англии получило обе дозы вакцины, и 93.7% лиц старше 80:
https://www.england.nhs.uk/statistics/wp-content/uploads/sites/2/2021/05/COVID-19-weekly-announced-vaccinations-06-May-2021.pdf

Collapse )
voron

А вот теперь реально плохие новости про иммунитет.


UPD: Может, не все так плохо на самом деле:
https://in-kant.livejournal.com/160658.html?thread=748946#t748946

Вернее, про естественный иммунитет, полученный после перенесенного ковида.

Самый тяжело пострадавший и продолжающий страдать от ковида регион (из мест с качественной статистикой) — это Перу и соседние районы Бразилии.

Если взять Перу, их статистику по избыточной смертности и известные оценки IRF ковида, то получается, что после первой волны у них переболело уже половина или больше населения. Что прямо подтверждается серологическими скринингами населения в некоторых городах. Самые показательные примеры — Манаус в Бразилии и Икитос в Перу. Там в конце прошлого лета антитела были у более чем 60% населения (в Икитосе — примерно у 70%). И тем не менее следующая зимняя волна ковида приходит как ни в чем не бывало, и она не менее смертононосная.

https://www.thelancet.com/journals/langlo/article/PIIS2214-109X(21)00173-X/fulltext

https://www.thelancet.com/article/S0140-6736(21)00183-5/fulltext

Хотя изначально предполагалось, что 60-70% — это и есть порог коллективного иммунитета, который остановит пандемию.

Очень показательно название другой статьи: Covid-19: Is Manaus the final nail in the coffin for natural herd immunity? (https://www.bmj.com/content/372/bmj.n394). И ответ, который дают авторы на этот вопрос — фактически «да».

Ученые в т.ч. предполагают, что дело в новых штаммах — поэтому коллективный иммунитет и не срабатывает. В любом случае должно быть очень много повторных заражений. Про это действительно пишет местная пресса (https://gestion.pe/peru/peru-reporta-mas-reinfecciones-de-covid-19-que-en-la-primera-ola-advierte-el-ins-noticia/) — но хорошей статистики оттуда нет.

Зато есть хорошая (в смысле, надежная) статистика из Великобритании. Я только сегодня увидел вот эту апрельскую статью:
https://www.thelancet.com/journals/lanpub/article/PIIS2468-2667(21)00055-4/fulltext

Авторы хотели посмотреть, связаны ли повторные заражения со штаммом B1.1.7 ("британкой"). И их вывод — что нет, не связаны. И попутно они сообщают казалось бы утешительную цифру — всего 0.7% повторных заражений. Прекрасная новость, не так ли? Нет, не так. Потому что цифры на самом деле очень нехорошие, если на них внимательно посмотреть.

Они взяли выборку из  36 920 человек, заболевших ковидом во вторую волну (с октября по декабрь 2020 года). И среди них нашлось 249 человек, кто совершенно точно заболел повторно.
А теперь возьмем еще две цифры. Население Великобритании 66.65 млн человек. На 1 октября у них переболело 475 тысяч человек.

Другими словами: из 66.175 млн не болевших ранее британцев, во вторую волну заболели и попали в рассматриваемую случайную подвыборку 36920 — 249 =  36671 человек, что составляет 0.0554%.
Из 475 тысяч уже раз переболевших, во вторую волну заболели и попали в рассматриваемую выборку 249 человек, что составляет ... 0.0524%.

Еще раз: у британца, переболевшего в апреле-мае 2020 года, оказались почти такие же шансы заболеть еще раз осенью, как и у не болевшего раньше британца. И дело не в новом штамме, как показано в той же работе.

Да, наверное уже переболевшие вели себя осенью менее осторожно, чем остальные. Но тем не менее статистика на самом деле ужасающая. Если иммунитета не хватает даже на год — то это, товарищи, капец... Остается надеяться, что от вакцины иммунитет дольше держится.

  • Tags
voron

Москва: технический анализ 2.0

Количество заразившихся инфекционным заболеванием в единицу времени — это произведение двух чисел. Числа заразных людей в популяции и того, скольких новых людей в среднем каждый из них заражает — это и есть коэффициент воспроизводства Rt. Любые внешние факторы (эпидемиологические ограничения, локдауны, поведение людей, ношение масок, сезонные изменения, процент людей с иммунитетом) влияют только на Rt. Поэтому смотреть надо именно на динамику Rt, это и есть показатель, определяющий развитие эпидемии. Все остальное — производная от Rt и стартовых условий. Если Rt > 1, то число заболевших растет экспоненциально. Rt = 1 и у вас плато заболеваемости. Rt < 1 — и у вас спад заболеваемости.
Между тем, почти нигде вы не найдете графика изменения Rt и тем более его анализа. Яндекс на своей странице (https://yandex.ru/covid19/stat) рассчитывает Rt для регионов — но не показывает его исторический график. Вот тут ребята считают для США (rt.live), но мне интереснее сейчас Москва. А график на самом деле очень интересный и отчасти неожиданный.

Я взял официальное число выявленных случаев в Москве по неделям, а потом разделил каждое число на предыдущую неделю. Это не совсем правильно, потому что интервальный период ковида — 4 дня, а не семь. Но зато так сглаживаются неизбежные административные вариации будние/выходные. В таком анализе не имеет значения, какой процент случаев выявляется. Надо только, чтобы в каждые две соседние недели это процент был более-менее одинаков.


Динамика понедельного Rt в Москве (на основе официальной диагностики)
Динамика понедельного Rt в Москве (на основе официальной диагностики)
Collapse )