voron

Естественные сезонные колебания смертности

Обсуждая избыточную смертность, надо очень аккуратно определять baseline (нулевую линию) - т.е. естественный уровень смертности, на фоне которого и определяется избыточная смертность. Общеизвестно, что зимой смертность выше, чем летом. Но довольно неожиданно (для меня) оказывается, что сезонные колебания в большинстве случаев почти идеально описываются простой синусоидой. Именно так высчитывают нулевую линию на euromomo, чтобы на ее фоне изучать, в частности, сезонные вспышки гриппа. И мне стало интересно - а от чего зависит амплитуда этого сезонного колебания и одинаковая ли она для разных стран?
Первая наивная гипотеза - что от географической широты. Чем ближе к экватору, тем меньше будет амплитуда, на экваторе она будет нулевая (там, где фактически нет разницы между зимой и летом), и амплитуда опять начнет расти (в антифазе) в южном полушарии по мере удаления от экватора.
Вторая наивная гипотеза - что от амплитуды климатических колебаний. Скажем, сезонные колебания среднесуточной температуры в Торонто - 26 градусов, в Рейкьявике - 11.1 градус, а в Тель-Авиве - 14.9 градусов.
Я взял еженедельные данные на mortality.org и профитил данные по 2019 год включительно (чтобы исключить любое влияние ковидной пандемии). Вот типичный пример - Нидерланды:



Долгосрочный тренд учтен как линейно растущий или падающий со временем множитель.
(1) - пример тяжелого сезона гриппа (сезон 2017-2018). Такое случается далеко не каждый год.
(2) - пример аномально низкой смертности сезона 2013-2014. Возможно, аномально теплая зима?

Средняя амплитуда естественных сезонных колебаний определяется довольно точно, в случае Нидерландов амплитуда составляет 20.6%.

Для всех стран северного полушария "фаза" колебания практически одинаковая с точностью до недели: везде максимум смертности приходится на 5 неделю (конец января - начало февраля), а минимум, соответственно, на 31 неделю (первая неделя августа). Что скорее соответствует графику температуры, чем, например, продолжительности светового дня (конец декабря/конец июня).

А вот что получается с амплитудой сезонных колебаний:



На карте (по клику откроется интерактивная версия):


Европа вблизи:


Никакого очевидного объяснения я этому не вижу. Максимальная амплитуда - Португалия, Израиль, Северная Ирландия, Испания, Чили. Минимальная амплитуда - Россия, Исландия, Словакия, Тайвань, Южная Корея.

Максим oude_rus предположил, что такое низкое значение для России - из-за неоднородного усреднения: слишком большая территория с очень большим климатическим разнообразием.
Для проверки я решил взять отдельно Москву.
Проблема только в том, что еженедельные данные у меня есть только по России в целом, а отдельно по Москве есть только ежемесячные данные.
На примере Португалии я сравнил, насколько это повлияет на результат. Взял еженедельные данные и сложил по четырехнедельным интервалам. Амплитуда колебаний в итоге получилась одинаковая (с точностью до 0.1 процентного пункта), так что ежемесячные данные дают примерно тот же результат, что и еженедельные данные.

Для Москвы получается амплитуда побольше: 13.6% (между Исландией и Словакией).

В литературе обсуждается то, что называется "winter mortality":
DOI:10.3402/ijch.v61i4.17477.
DOI:10.1007/s00484-019-01803-0

Но я не уверен, что это "зимняя смертность" это и есть вся сезонная изменчивость. Если за "нулевую линию" взять минимум конца июля, то этот пик "зимней смертности" получается широченный, начиная с конца августа и заканчивая июнем. Какие уж тут зимние холода...
Когда они пишут о непосредственных причинах зимней смертности, то называют две: болезни сердца (The rapid coronary deaths are due mainly to haemoconcentration resulting from fluid shifts during cold exposure) и респираторные заболевания. Оба фактора они связывают с низкой температурой. Ну или с разницей температур между теплым жилым помещением и улицей. И вроде бы как в отдельной местности действительно коррелирует: приходят морозы и через два дня пик сердечных смертей, а через 12 дней - пик смертей от респираторных заболеваний. Но это никак не может объяснить, почему амплитуда колебаний в Израиле почти вдвое больше, чем в Финляндии. По большому счету по поводу разницы между странами, авторы только разводят руками.

Вот тут есть интересное рассуждение, что радикальное уменьшение сезонной вариации смертности в Швеции в 20 веке - это основной фактор роста продолжительности жизни. Но причины этого они не обсуждают. Зато вот красивый график, насколько уменьшилась эта амплитуда за сто лет:

voron

Жизни в обмен на экономику?

Еще чуть-чуть размышлений вслух.

В самом начале всей этой истории, когда обсуждалось, что делать с связи с коронавирусом и какие вводить ограничения и локдауны, общим местом была идея, что надо выбирать между экономикой и жизнями (в первую очередь стариков). Но тогда же раздавались и голоса, что это ложная дихотомия, и на самом деле кто спасет жизни, тот спасет и экономику. Приводили в примеры какие-то столетней давности истории с испанкой и т.д.

А вот мне попался экономический отчет Еврокомиссии, с предварительными данными по ВВП за 2020 год европейский стран (+США, Япония и ВБ) вместе с прошлыми годами в одной таблице. Вот мне и стало интересно - как коррелирует общее падение ВВП (по сравнению с ростом предыдущих 4 лет) и избыточная смертность. Я руками добавил туда Австралию и Россию - но там данные по ВВП из других источников.

Вот такой получился график (UPD: исправил ВВП для России):

Collapse )
voron

Снова избыточная смертность

Пришли данные Росстата за март 2021 года, в связи с чем напоминаю, где можно посмотреть избыточную смертность по разным странам и регионам России с наглядной инфографикой: на странице Дмитрия Кобака (kobak) на гитхабе: https://github.com/dkobak/excess-mortality

От себя хочу добавить пару графиков, на которых наглядно видно текущее положение России. Тут нет стран, данные по которым давно не обновлялись либо вообще отсутствуют. Поэтому не ищите тут Индию, Китай или Беларусь.

Вот страны по избыточной смертности с начала пандемии на сто тысяч населения:



А вот где избыточная смертность дана в процентах от обычной годовой смертности:



Серым показан доверительный интервал (+- стандартное отклонение).

Так что если вам будут говорить, что Россия справилась с пандемией лучше западноевропейских стран - вас обманывают. Россия - одна из худших в мире по показателю избыточной смертности.
Но если вам будут говорить, что Россия хуже всех в мире или даже хуже всех в Европе - это тоже неправда. Скажем, Болгария хуже России как ни считай. Да и другая восточная Европа тоже догоняет - Чехия, Польша, Сербия. Литва тоже

Не спрашивайте, что за аномалия происходит в Монголии: понятия не имею. Но у них уже больше года смертность каждый месяц чуть ниже обычного - вот и набежало.
voron

Москва: технический анализ 2.0

Количество заразившихся инфекционным заболеванием в единицу времени — это произведение двух чисел. Числа заразных людей в популяции и того, скольких новых людей в среднем каждый из них заражает — это и есть коэффициент воспроизводства Rt. Любые внешние факторы (эпидемиологические ограничения, локдауны, поведение людей, ношение масок, сезонные изменения, процент людей с иммунитетом) влияют только на Rt. Поэтому смотреть надо именно на динамику Rt, это и есть показатель, определяющий развитие эпидемии. Все остальное — производная от Rt и стартовых условий. Если Rt > 1, то число заболевших растет экспоненциально. Rt = 1 и у вас плато заболеваемости. Rt < 1 — и у вас спад заболеваемости.
Между тем, почти нигде вы не найдете графика изменения Rt и тем более его анализа. Яндекс на своей странице (https://yandex.ru/covid19/stat) рассчитывает Rt для регионов — но не показывает его исторический график. Вот тут ребята считают для США (rt.live), но мне интереснее сейчас Москва. А график на самом деле очень интересный и отчасти неожиданный.

Я взял официальное число выявленных случаев в Москве по неделям, а потом разделил каждое число на предыдущую неделю. Это не совсем правильно, потому что интервальный период ковида — 4 дня, а не семь. Но зато так сглаживаются неизбежные административные вариации будние/выходные. В таком анализе не имеет значения, какой процент случаев выявляется. Надо только, чтобы в каждые две соседние недели это процент был более-менее одинаков.


Динамика понедельного Rt в Москве (на основе официальной диагностики)
Динамика понедельного Rt в Москве (на основе официальной диагностики)
Collapse )
voron

Оплата штрафов за участие в митингах

Оказывается, существует массовая проблема: люди, которые получают в суде штрафы за митинги, не могут их оплатить, т.к. реквизиты для оплаты, которые им дают, «не проходят» в банках.

Скорее всего, это не злой умысел, а бестолковость и некомпетентность.

Мы сделали с братом страничку, где можно самостоятельно проверить КБК, а также проверить (особенно последнюю контрольную цифру!) или сгенерировать УИН:

Чуть более подробное пояснение тут:
https://www.facebook.com/permalink.php?story_fbid=2977017262544888&id=100007099293210

и тут:

https://www.facebook.com/permalink.php?story_fbid=2976322962614318&id=100007099293210

Я понимаю, что ЖЖ давно мертв в смысле распространения информации — но вдруг кому-то поможет.

voron

2020

Упарился монтировать и вообще первый блин комом — но вот что получилось. Так как леталку я получил только на день рождения, тут фактически полгода.

voron

Когда модель реально работает

Это вам не эпидемиология, у нас реально как предсказано — так и выходит.

Во второй день и ондулятор по оси примерно выставили, и монохроматор пробили! Вот что значит предусмотреть на линии правильную диагностику.

voron

Москва - UPDATE 18/05/2020

Предсказания от 7 мая сбываются с поразительной точностью по числу новых выявляемых случаев (рис. 1). Синие точки — это новые данные, полученные после построения модели. Честно говоря, я сам очень удивился. Где-то через неделю станет виден результат недавних изменений режима: открытия части предприятий с одной стороны и обязательного масочно-перчаточного режима — с другой.

Рис. 1. Ежедневное число новых выявляемых случаев.
Рис. 1. Ежедневное число новых выявляемых случаев.
Collapse )